Vom 03.09. bis zum 12.09.2007 sowie am 05. und 06.11.2007 liefen im Auftrag des Erzbischöflichen Ordinariats der Diözese München-Freising und des Bayerischen Landesamts für Denkmalpflege kleinräumige Notuntersuchungen an der Außenwand des Ostabschlusses der Pfarrkirche St. Johannes in Moosburg (Lkr. Freising). Hierbei konnten wichtige Einblicke in die mittelalterliche Baugeschichte der Kirche gewonnenen werden. Demnach ist der heutige Zustand das Ergebnis von wahrscheinlich fünf mittelalterlichen Bauphasen des 13. bis 15. Jahrhunderts.

Ältester nachweisbarer Bestandteil ist mit einiger Wahrscheinlichkeit das Mittelschiff der heutigen Kirche. Bei diesem ersten Backsteinbau dürfte es sich um eine Saalkirche von der Breite des heutigen Mittelschiffs gehandelt habe. Die Länge dieser Kirche und ihr Ostabschluss sind unbekannt. Die Westwand und die Nordwand des nördlichen Seitenschiffs gehören zur nächst älteren Bauphase.

Die Nordwand hatte ihren Abschluss ursprünglich deutlich weiter im Osten. Die Bauphase dürfte nach bisherigem Kenntnisstand wohl in die erste Hälfte des 13. Jahrhunderts zu datieren sein. Der heutige Ostabschluss der Seitenschifffe kam erst in einer dritten Bauphase im 14./15. Jahrhundert hinzu, wobei beide Seitenschiffe nach Osten verlängert wurden, jedoch wahrscheinlich nicht in der gleichen Bauphase. Im Nordosten der Kirche befand sich möglicherweise ein Annexbau. Ein ausgesprochen qulitätvoller Ziegelsplittestrich des 14. Jahrhunderts (?), der bereits bei den Untersuchungen am Hauptportal von St. Kastulus festgestellt werden konnte, gibt darüber hinaus Anhaltspunkte für eine gotische Vor- bzw. Eingangshalle zwischen St. Kastulus und St. Johannes.

An der Südostecke konnte ein neuzeitliches Grab untersucht werden. Bei der hier bestatteten Frau dürfte es sich nach dem an dieser Stelle in der Ostwand eingelassenen Epitaph um Anna Maria (…?), die Gattin des Weißbierwirtes von Moosburg handeln, die im Jahre 1762 im Alter von 58 Jahren verstarb.